Tiene una condena a 25 años de prisión por violaciones a los derechos humanos. Pero le restituyó un indulto otorgado en diciembre 2017.
después de considerar que no cumplía con las exigencias legales
y carecía de efectos jurídicos, por lo que Fujimori debió regresar a la prisión del cuartel policial del este deEl indulto incluso está siendo investigado por los tribunales, ya que la Fiscalía considera que, quien por entonces era congresista, para que legisladores fujimoristas votaran en contra de un pedido de destitución del entonces mandatario.
Según trascendió en la prensa local, la decisión mantuvo divididos a los seis miembros que actualmente integran el TC, ya que cuenta con el apoyo de Ernesto Blume, José Luis Sardón y Augusto Ferrero, y el rechazo por Marianella Ledesma, Eloy Espinosa-Saldaña y Manuel Miranda.
El ex gobernante es el único preso en una cárcel construida expresamente para él dentro de la base policial del distrito deEl ex presidente cumple una condena de 25 años de prisión en el penal policial de Barbadillo, donde tiene una celda y facilidades médicas exclusivamente para él, por las matanzas de Barrios Altos y La Cantuta cometidas por el grupo paramilitar Colina, además del secuestro del periodista Gustavo Gorritti y el empresario Samuel Dyer.
En los últimos meses ha tenido permanentes ingresos en una clínica particular de Lima para atenderse por una serie de problemas de salud y sus hijos han insistido en que debe recibir un indulto humanitario por su frágil estado de salud y su edad avanzada.